首先，从整体框架来看，《企业会计制度》是为适应我国社会主义市场经济发展的需要而制定的，其目的是规范企业的会计行为，保证会计信息的真实性和完整性。该制度下的会计科目表较为传统，注重基础性与全面性，涵盖了各类经济业务的基本核算需求。相比之下，《企业会计准则——应用指南》则是基于国际会计准则理事会（IASB）的国际财务报告准则（IFRS），结合中国国情制定的，更加强调原则导向和灵活性，以满足现代企业复杂多变的经营环境。

其次，在具体科目设置方面，两者的区别主要体现在以下几个方面：

1. 科目名称：《企业会计准则——应用指南》中的科目名称更加国际化，部分科目名称进行了调整或简化，以便于与国际接轨。

2. 科目分类：《企业会计准则——应用指南》对某些科目的分类进行了优化，使得科目体系更为科学合理，便于企业进行精细化管理。

3. 适用范围：由于《企业会计准则——应用指南》更多地考虑了跨国公司及大型企业的特殊需求，因此在一些高级别科目上提供了更多的选择和灵活性。

然而，尽管存在上述差异，两者之间也存在着密切的联系。例如，无论是《企业会计制度》还是《企业会计准则——应用指南》，都强调了会计信息的质量特征，即可靠性、相关性、可比性和及时性。此外，两者均要求企业在实际操作中遵循谨慎性原则，合理估计可能发生的损失，并充分披露相关信息。

综上所述，《企业会计制度》与《企业会计准则——应用指南》各自具有独特的价值，企业在选择适用时应根据自身实际情况和发展阶段做出权衡。对于初创企业和中小企业而言，《企业会计制度》可能更为适合；而对于规模较大、业务复杂的集团型企业，则建议采用《企业会计准则——应用指南》作为指导依据。只有这样，才能确保企业会计工作的高效运行，为管理层决策提供可靠的支持。